各位大蝦好!這是細菌16S PCR產物電泳影象,大小為1 5kb,但條帶上下出現彌散現象,測序波峰出現重峰現象

2021-08-11 09:31:44 字數 4968 閱讀 7755

1樓:匿名使用者

細菌16s rrna基因序列是集高度保守和變異性與一身的,現在採用的多數pcr擴增引物都是採用的所有細菌的通用引物,即:幾乎能夠擴增出所有的真細菌。所以,16s rdna的擴增面臨的主要問題是汙染,只要有其他細菌dna的汙染,就可能出現假陽性或測序重疊峰,也就是說一條1500bp的帶可能是多個細菌的16s rdna的擴增產物的混合物。

解決這一問題需要注意的事項很多:

1.所有的物品和試劑都要嚴格防汙染,包括taq酶,有很多公司產的聚合酶是用細菌生產的,如果處理純化不當可能含有細菌的dna;

2.擴增模板開始時一定要選取單個菌落來製備;

3.由於該基因在多數細菌基因組內是多拷貝的,所以模板dna的量不宜太多,否則有非特異性擴增(你的帶看上去模板dna就有些過量)

4.測序宜採用連線t載體後進行,不宜採用pcr產物直接測序的方法。

5.每次pcr都要設立未加模板的空白對照!

6.**中引物二聚體也很多,需適當減少反應體系中引物的用量。

2樓:匿名使用者

估計細菌不是單一菌株吧?如果不是單一菌株,提高點退火溫度,擴出不彌散的條帶,割膠純化後做克隆,挑10至20個測序。如果是單一菌株就只提高退火溫度就好了。

3樓:風蕭蕭邊歌幾處

1、smear是非特異擴增的結果。割膠**回來就好。

2、測序出現非特異:說明你的原始菌體不單一,建議做個克隆後挑幾個斑測序。

pcr的產物跑瓊脂糖凝膠電泳時,所有樣都不出現條帶,而是彌散狀的,從投拖到尾

4樓:匿名使用者

「從頭拖到尾,另外一對引物就能做出來」

說明不是引物之間形成二聚體,而是第一對引物的設計有問題(特異性很差)。如果一定要擴增那個區,建議引物的位置向兩邊放一放。如果你沒有好的設計軟體,建議到primer3去試試(目前最好的免費引物設計)。

如果還是不行,把序列發給我,我幫你設計(我有專業軟體,abi primer express 3 和 invitrogen vector nti 10)

5樓:浙大阿米巴

看不懂廢話毛

說明你的引物不是一般的差。第一步是提高退火溫度試試,還是不行就只能按照一樓說的重新設計。

6樓:軒轅頑童

引物設計問題,引物特意性差,3『端gc比太高,或者有引物落入了串聯重複序列中。建議做一下primer-blast看一下是什麼問題,然後重新設計

7樓:匿名使用者

可能就是引物特異性的問題,到網上再重新設計一個吧

什麼是pcr?

8樓:鬆恭載琬

pcr(polymerase

chain

reaction

)即聚合酶鏈式反應

pcr技術的基本原理:該技術是在模板dna、引物和四種脫氧核糖核苷酸存在下,依賴於dna聚合酶的酶促合成反應。dna聚合酶以單鏈dna為模板,藉助一小段雙鏈dna來啟動合成,通過一個或兩個人工合成的寡核苷酸引物與單鏈dna模板中的一段互補序列結合,形成部分雙鏈。

在適宜的溫度和環境下,dna聚合酶將脫氧單核苷酸加到引物3´-oh末端,並以此為起始點,沿模板5´→3´方向延伸,合成一條新的dna互補鏈。

pcr反應的基本成分包括:模板dna(待擴增dna)、引物、4種脫氧核苷酸(dntps)、dna聚合酶和適宜的緩衝液。類似於dna的天然複製過程,其特異性依賴於與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。

pcr由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成:①模板dna的高溫變性:模板dna經加熱至93℃左右一定時間後,使模板dna雙鏈或經pcr擴增形成的雙鏈dna解離,使之成為單鏈,以便它與引物結合,為下輪反應作準備;②模板dna與引物的低溫退火(復性):

模板dna經加熱變性成單鏈後,溫度降至55℃左右,引物與模板dna單鏈的互補序列配對結合;③引物的適溫延伸:dna模板--引物結合物在taqdna聚合酶的作用下,以dntp為反應原料,靶序列為模板,按鹼基配對與半保留複製原理,合成一條新的與模板dna

鏈互補的半保留複製鏈重複迴圈變性-退火-延伸三過程,就可獲得更多的「半保留複製鏈」,而且這種新鏈又可成為下次迴圈的模板。每完成一個迴圈需2~4分鐘,

2~3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。

9樓:柚夏

pcr是聚合酶鏈式(polymerase chain reaction)反應的簡稱,是一種將幾個或幾十個拷貝數dn**段擴增至上百萬份拷貝的方法,這是迄今為止最為重要的技術之一。pcr技術的影響不僅僅侷限於生物科學領域,幾乎人人都可以感受到pcr所帶來的改變,在親子鑑定以及犯罪調查中pcr技術便有廣泛應用。

pcr可以被認為是與發生在細胞內的dna複製過程相似的技術,其結果都是以原來的dna為模板產生新的互補dn**段。細胞中dna的複製是一個非常複雜的過程。參與複製的有多種因素。

pcr是在試管中進行的dna複製反應,基本原理與細胞內dna複製相似,但反應體系相對較簡單。

pcr由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成:

①模板dna的變性:模板dna經加熱至94℃左右一定時間後,使模板dna雙鏈或經pcr擴增形成的雙鏈dna解離,使之成為單鏈,以便它與引物結合,為下輪反應做準備;

②模板dna與引物的退火(復性):模板dna經加熱變性成單鏈後,溫度降至55℃左右,引物與模板dna單鏈的互補序列配對結合;

③引物的延伸:dna模板--引物結合物在taq酶的作用下,以dntp為反應原料,靶序列為模板,按鹼基配對與半保留複製原理,合成一條新的與模板dna 鏈互補的半保留複製鏈。

重複迴圈變性--退火--延伸三過程,就可獲得更多的「半保留複製鏈」,而且這種新鏈又可成為下次迴圈的模板。每完成一個迴圈需2~4分鐘, 2~3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。

參考資料

pcr技術原理.丁香通[引用時間2018-5-11]

10樓:春玉英進婷

pcr是聚合酶鏈式反應。這個反應的發生需要目標dna,也需要聚合酶(要不怎麼叫聚合酶鏈式反應呢?)還有4種脫氧核苷酸a、g、c、t。

(注意,a、g、c、t是他們的鹼基,在一定情況下也能指代核糖核苷酸核苷酸或脫氧核苷酸。)

我估計能問這個問題的人不是個初學者就是個高深莫測的人……

11樓:自由之聲了

是手遊princess connect!re dive(公主連結r)的簡稱

12樓:匿名使用者

聚合酶鏈鎖反應,polymerase chain reaction,簡稱pcr,是一種分子生物學技術,用於放大特定的dn**段。可看作生物體外的特殊dna複製。

※pcr基本原理

pcr技術的基本原理類似於dna的天然複製過程,其特異性依賴於與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。pcr由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成:

①模板dna的變性:模板dna經加熱至93℃左右一定時間後,使模板dna雙鏈或經pcr擴增形成的雙鏈dna解離,使之成為單鏈,以便它與引物結合,為下輪反應作準備;

②模板dna與引物的退火(復性):模板dna經加熱變性成單鏈後,溫度降至55℃左右,引物與模板dna單鏈的互補序列配對結合;

③引物的延伸:dna模板--引物結合物在taqdna聚合酶的作用下,以dntp為反應原料,靶序列為模板,按鹼基配對與半保留複製原理,合成一條新的與模板dna 鏈互補的半保留複製鏈重複迴圈變性--退火--延伸三過程,就可獲得更多的「半保留複製鏈」,而且這種新鏈又可成為下次迴圈的模板。每完成一個迴圈需 2~4分鐘, 2~3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。

到達平臺期所需迴圈次數取決於樣品中模板的拷貝。

※pcr反應特點

特異性強

pcr反應的特異性決定因素為:

①引物與模板dna特異正確的結合;

②鹼基配對原則;

③taq dna聚合酶合成反應的忠實性;

④靶基因的特異性與保守性。

其中引物與模板的正確結合是關鍵。引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循鹼基配對原則的。聚合酶合成反應的忠實性及taq dna聚合酶耐高溫性,使反應中模板與引物的結合(復性)可以在較高的溫度下進行,結合的特異性大大增加,被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。

再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區,其特異性程度就更高。

靈敏度高

pcr產物的生成量是以指數方式增加的,能將皮克(pg=10- 12)量級的起始待測模板擴增到微克(ug=-6)水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞;在病毒的檢測中,pcr的靈敏度可達3個rfu(空斑形成單位);在細菌學中最小檢出率為3個細菌。

簡便、快速

pcr反應用耐高溫的taq dna聚合酶,一次性地將反應液加好後,即在dna擴增液和水浴鍋上進行變性-退火-延伸反應,一般在2~4 小時完成擴增反應。擴增產物一般用電泳分析,不一定要用同位素,無放射性汙染、易推廣。

對標本的純度要求低

不需要分離病毒或細菌及培養細胞,dna 粗製品及rna均可作為擴增模板。可直接用臨床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛髮、細胞、活組織等dna擴增檢測。

13樓:麥兜櫻

pcr就是一種用來大量複製目的基因的生物技術

14樓:匿名使用者

pcr診斷技術又叫多聚酶鏈式反應技術,它採用分子技術模擬核酸在體內的複製,從而判定疾病病原的種類,所以從本質上來說,這是一種實驗室診斷方法。目前省內一些科研和檢測機構,如山東省農科院、山東農業大學以及山東省獸醫總站都已經熟練掌握了這項技術。

以往給動物治病,獸醫都是採用看聞問摸的方法,這就要等到動物表現出明顯的症狀,才能初步判定疾病的型別,有時病症複雜了,還得經過很長一段時間的**性診斷,不僅錯過了**的最佳時間,還會造成飼料和藥品的浪費。甚至還會出現誤診。而pcr技術就不同了,它不需要觀察動物的外觀表現,所以無論是在潛伏期還是爆發期,只要對動物的相應器官進行檢測,在兩個小時內就能準確判定出畜禽疾病的原因和種類,這就意味著能夠快速**爆發的疾病。

另外,這項技術也能作為確定某些疾病流行的權威依據。特別是目前其他各種技術都很難確診的病毒病,通過它就可以非常直觀的得出結論。

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圖為蘇木科 雲實科植物老虎刺,學名pterolobium punctatum 木質藤本或攀援性灌木,高3 10米 小枝具稜,幼嫩時銀白色,被短柔毛及淺黃色毛,老後脫落,具散生的 或於葉柄基部具成對的黑色 下彎的短鉤刺。葉軸長12 20釐米 葉柄長3 5釐米,亦有成對黑色托葉刺 羽片9 14對,狹長 ...

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