1樓:匿名使用者
二代測序中g就是gb跟硬碟的gb一樣,因為資料量非常
大所以一般都用多少g來生命測序版得到的權鹼基資料。reads是指讀出的短序列、短片段。測序深度一般用數字加乘號來表示比如100x這樣。
表示測序實際得到的有效鹼基資料比模板實際鹼基資料。大致就是這樣
測序深度 5
2樓:美吉生物
測序得到的鹼基總數就是原始的測序資料,其中會包括一些低質量的鹼基,通過去除低質量的鹼基,再去除片段過短的序列,得到高質量的序列用於後續分析。一般評價測序深度都是用過濾之後高質量的序列來進行評估的,這些序列也將參與後續的分析。
為什麼二代測序又叫深度測序
3樓:士誠小人也
在二代測序中,為了有效覆蓋全基因組,獲得的資料量一般是被測基因組的幾十倍,然後再拼接。
也就是說,理論上,每個位點都要被覆蓋幾十次甚至上百次,這個次數就叫測序深度
所以,二代測序也成為深度測序
solexa測序時的測序深度和覆蓋度是怎麼理解,怎麼區別的
4樓:匿名使用者
測序深度可以理解為對一段序列上的區域重複檢測的次數,比如一個序列被上某個片段被檢測了30次就是30x,深度越大,越準確,覆蓋度就是對你的目的基因所覆蓋的程度,比如你的序列是有30bp但是由於測序的時候某些區域沒有測到,只測到了27bp大小片段,那就是27/30等於90%
5樓:滑麗堵開
測序深度(sequencing
depth):測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關係,測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。
重測序的個體,如果採用的是雙末端或mate-pair方案,當測序深度在10~15x以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。
深度測序和普通的二代測序有什麼區別?有什麼應用
6樓:淵源
有兩種體細胞突變容易被忽視,一種是侷限在特定組織的突變。舉例來說,如果突變只存在於大腦,而我們檢測的是血液,那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細胞突變雖然發生在所有組織中,但是隻影響一部分細胞,因此不容易被檢測到。
普通的二代測序,全基因組或外顯子組測序是將dna分成小片段,然後對各個片段多次讀取(一般是三十次)。然而,如果突變只發生在15-20%的細胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當突變隻影響一個基因拷貝時。
walsh和博士後saumya jamuar通過「定向高覆蓋度測序」技術,為158名腦部疾病的患者鑑定致病突變,這些患者的症狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。
研究人員並沒有分析整個基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,並且大大提高了測序的深度。
在一些疾病如唐氏綜合徵中,嵌合突變相較於影響全身細胞的突變,產生的症狀要輕一些。但是很少量的變異細胞就足以引發損害人身心健康的症狀,在以往的研究中,為了從普通基因組中檢測到這些突變,研究人員就不得不增加測定的序列數量。而對少數候選基因區域進行的平均300次深度測序,就可以有效辨別被誤認為測序錯誤的突變。
dna 的 1代測序,2代測序,3代測序的區別是什麼啊?
7樓:垠元
第一代測序:指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少。
第二代測序:為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第三代測序:特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低。
8樓:匿名使用者
你說的1代2代指的是子代1代,2代嗎?原本的雙鏈dna就是親代,以親本為模板複製產生的子代dna就是子1代,子2代.....
高通量測序的結果怎麼計算覆蓋率
9樓:西北守望著
覆蓋度是指測序產出的資料覆蓋到目標基因組上的比例,與測序深度相關。以人類基因組測序為例:測序深度=reads數×片段大小(bp)/3000000000。
如果文庫片段是100bp,產出500w的reads,那麼其測序深度是0.167×,覆蓋度是16.7%。
在1×測序深度以內,覆蓋度與測序深度呈正相關的比例,當測序深度達到一定程度時覆蓋度並沒有顯著提高。同樣以人類基因組為例:1×測序深度其覆蓋度是63.
21%,2×測序深度其覆蓋度是87.46%,5×測序深度其覆蓋度是99.3%,10×測序深度其覆蓋度是99.99%
第二代基因測序技術的流程分別是什麼,四種,Roche
454測序 dna文庫製備 empcr 上機測序 solexa測序 文庫製備 cluster擴增 邊合成邊測序 solid測序 樣品製備 emulsion pcr和底物準備 測序反應 影象收集 資料分析 這一句兩句能說清楚嗎,逗人玩呢吧 什麼是solexa 測序技術 solexa 高通量測序法原理 ...
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藥品recipe的縮寫。這原來是拉丁文,是請給的意思,但現在在英語詞典中一般就直接做 處方 的解釋了。r 是醫生處方箋上的符號，意為 請取給 r 的起源說法不同 源於古羅馬。據說 1700 年前的古羅馬名醫蓋侖，曾歷任幾代羅馬國王的御醫，又是個博學多才的文學家和哲學家。他模仿古埃及神話中招福驅禍的醫...
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