實時熒光定量pcr是否能需要延伸

2021-04-18 02:33:45 字數 6187 閱讀 2086

1樓:匿名使用者

1.sybrgreenⅰ法:

在pcr反應體系中,加入過量sybr熒光染料,sybr熒光染料特異性地摻入dna雙鏈後,發射熒光訊號,而不摻入鏈中的sybr染料分子不會發射任何熒光訊號,從而保證熒光訊號的增加與pcr產物的增加完全同步。

sybr定量pcr擴增熒光曲線圖

pcr產物熔解曲線圖(單一峰圖表明pcr擴增產物的單一性)2.taqman探針法:

探針完整時,報告基團發射的熒光訊號被淬滅基團吸收;pcr擴增時,taq酶的5』-3』外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監測系統可接收到熒光訊號,即每擴增一條dna鏈,就有一個熒光分子形成,實現了熒光訊號的累積與pcr產物的形成完全同步。

實時熒光定量pcr的結果該怎樣分析?

2樓:群英鬥將

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算;

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算;

3、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

4、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

5、看ct值是分析熒光定量pcr最直觀的一個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr熒光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

pvr的迴圈引數:

1、預變性;

模板dna完全變性與pcr酶的完全啟用對pcr能否成功至關重要,加熱時間參考試劑說明書。

2、變性步驟;

迴圈中一般95℃,30秒足以使各種靶dna序列完全變性,可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹底,易造成擴增失敗。

3、引物退火;

退火溫度需要從多方面去決定,一般根據引物的tm值為參考,根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然後在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對pcr的特異性有較大影響。

4、引物延伸;

引物延伸一般在72℃進行(taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。

5、迴圈數;

大多數pcr含25-35迴圈,過多易產生非特異擴增。

6、最後延伸;

在最後一個迴圈後,反應在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸完全,並使單鏈產物退火成雙鏈。

3樓:南京金益柏生物科技****

用2-△△ ct法算的話,應如何算? 假設檢測a基因,ct分別為(這裡記住ct越大,表明相對含量越低) 普通組/test1:28 實驗組1/test2:

29 實驗組2/test3:30 這時候要設對照了,假設test1為對照組(普通組),當然是以普通組為對照 那麼,相對含量為。

4樓:匿名使用者

看ct值、起始拷貝數、標準偏差等

如果是sybr做的話,再看下溶解曲線

實時熒光定量pcr內參是什麼東西

5樓:禾鳥

1、實時熒光定量pcr內參:

在不同的pcr反應管中已定量的內參和引物,內參用基因工程方法合成。上游引物用熒游標記,下游引物不標記。在模板擴增的同時,內參也被擴增。

在pcr產物中,由於內參與靶模板的長度不同,二者的擴增產物可用電泳或高效液相分離開來,分別測定其熒光強度,以內參為對照定量待檢測模板。

2、選擇:內參一般是固定的,可以用實驗室之前就有的。或者用基因工程方法合成。上游引物用熒游標記,下游引物不標記。

擴充套件資料

(1)內參在傳統定量中的作用:

由於傳統定量方法都是終點檢測,即pcr到達平臺期後進行檢測,而pcr經過對數期擴增到達平臺期時,檢測重現性極差。同一個模板在96孔pcr儀上做96次重複實驗,所得結果有很大差異,因此無法直接從終點產物量推算出起始模板量。

加入內參後,可部分消除終產物定量所造成的不準確性。但即使如此,傳統的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。

(2)內參對定量pcr的影響:

若在待測樣品中加入已知起始拷貝數的內標,則pcr反應變為雙重pcr,雙重pcr反應中存在兩種模板之間的干擾和競爭,尤其當兩種模板的起始拷貝數相差比較大時,這種競爭會表現得更為顯著。

但由於待測樣品的起始拷貝數是未知的,所以無法加入合適數量的已知模板作為內參。也正是這個原因,傳統定量方法雖然加入內參,但仍然只是一種半定量的方法。

6樓:小笑聊情感

實時熒光定量pcr內參是一種在dna擴增反應中,以熒光化學物質測每次聚合酶鏈式反應(pcr)迴圈後產物總量的方法。通過內參或者外參法對待測樣品中的特定dna序列進行定量分析的方法。

7樓:匿名使用者

內參就是一個表達量在各個組基本保持不變的基因,又叫看家基因,比如常用的gapdh, actin。或者18s rrna也可以。

如果內參表達量一致,說明你pcr的上樣量一致,樣本的質量也一致。如果出入很大,說明你的樣本的濃度或者是質量有問題。測到的目的基因的表達量就不可靠了

8樓:匿名使用者

管家基因,具體可以諮詢公司,也可以自己看文獻,常用的有gapdh,beta-actin和18srna,根據不同的**選用不同的管家基因,比如gapdh就被人詬病做癌細胞基因時超不準。。。

9樓:xueling黃

如果對內參要求很高的話,可以篩選合適內參,有免費的軟體,比如genorm,normfinder等

實時熒光定量pcr與基本pcr相比有什麼優點

10樓:杏雀烈

熒光定量pcr與普通pcr相比具有以下優點:

1、高靈敏性 可檢測單個細胞基因;

2、高特異

11樓:匿名使用者

普通的pcr大多數是定性實驗,而實時熒光定量pcr則定量和定性都可以做。應用領域也不一樣,普通pcr一般應用於基因組克隆、dna測序、rna反轉錄等,而實時熒光定量pcr一般應用於mrna表達量分析、絕對定量、蛋白表達、snp分析、陰陽性解析等領域。不是定量pcr比pcr好,而是兩者應用與不同的領域,起到了不同的作用。

熒光定量pcr較普通pcr不同的一點就是可以實時檢測pcr擴增產物,從而可進行絕對定量或者相對定量。

12樓:奔馬的香香豬

pcr實驗主要採用sybr green染料法和taqman探針法,biog技術採用經化學修飾的熱啟動聚合酶,有效避免了非特異擴增,具有高度的特異性。反應緩衝液經多次優化,與熱啟動聚合酶具有最為樂觀的搭配,使聚合酶的活效能夠得到最大程度的發揮。反應靈敏快速,40個迴圈只需20多分鐘的時間。

在20ul的反應體系裡,只要有幾個拷貝的dna分子就能被檢測出來。

實時熒光定量pcr與普通pcr的區別是什麼?結果有何異同?能說明的問題是什麼?

13樓:麼破1自我

二者結果相同。都能說明生物體外的特殊dna複製的整個過程的擴增效率和溶解溫度情況。

區別:1、二者系統組成不同

熒光定量pcr儀比普通的pcr儀多了熒光訊號採集系統和計算機分析處理系統。

2、二者原理不同

熒光定量pcr實時監測與dna結合的熒光染料激發的熒光,普通ocr通過檢測插入dna中核算染料的量來測定pcr最終產物量。

3、二者反應要求不同

熒光定量pcr對擴增片段有較高的要求,一般為100-300bp,普通pcr可以擴增長點的片段。

4、二者應用不同

熒光定量pcr主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的,普通的pcr儀是做定性分析和擴增基因片段,定量pcr儀可以做普通pcr儀的工作,反之不行。

5、二者測量成本不同

定量pcr儀**較為昂貴,普通的基因擴增儀(pcr儀)只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是**要低很多,而且執行成本也要低很多。

實時熒光定量pcr技術有效地解決了傳統定量只能終點檢測的侷限,實現了每一輪迴圈均檢測一次熒光訊號的強度,並記錄在電腦軟體之中,通過對每個樣品ct值的計算,根據標準曲線獲得定量結果。

14樓:匿名使用者

原理不同:熒光定量pcr實時監

測與dna結合的熒光染料激發的熒光;普通pcr通過檢測插入dna中核算染料的量來測定pcr最終產物量,一般是紫外光。

反應要求:熒光定量對擴增片段有較高的要求,一般為100-300bp;普通定量可以擴增長點的片段。如果不需要檢測產物分子量大小,熒光定量可以不進行電泳就對產物進行定量分析,普通pcr必須電泳。

結果:熒光定量可以實現精確定量,普通pcr則不行。熒光定量體現可以看到整個擴增過程,可以看到擴增效率,溶解溫度,直接得到的標準曲線等,這些是普通pcr無法實現的。

如果還不清楚建議去丁香園等**逛逛,希望可以幫到你

15樓:匿名使用者

所謂實時熒光定量pcr技術,是指在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行「定量分析」的方法。

記住,實時熒光定量是定量分析

16樓:匿名使用者

熒光pcr是為了測量mrna表達量的 普通pcr是為了擴增目的片段的

17樓:匿名使用者

熒光定量是定量的,普通pcr是定性的,結果一個是說明含有多少,另一個說明有還是沒有,前者更精確一點

實時熒光定量pcr不需要跑膠嗎

18樓:匿名使用者

不需要,不需要用瓊脂糖凝膠驗證。因為實時定量pcr那個儀器可以檢測熒光強弱,比膠要靈敏。假如用膠檢測mrna表達量,就不用熒光燃料,直接普通pcr就可以

實時定量pcr的結果是怎樣分析的

19樓:小乾乾

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算。

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算。

3、舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

4、首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

5、幾點注意:必須確定擴增的特異性,只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同),2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2,最好不用syber green。

20樓:豆村長de草

實時熒光定量pcr技術是在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

基線在pcr擴增反應的最初數個迴圈裡,熒光訊號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即基線。光域值threshold的設定,一般將pcr反應前15個迴圈的熒光訊號作為熒光本底訊號,熒光域值是pcr3-15個迴圈熒光訊號標準差的10倍,熒光域值設定在pcr擴增的指數期。

融解曲線是用來驗證擴增產物特異性的,如果產物是單一條帶,融解曲線就會出現一尖峰;如果有引物二聚體或其它非特異性擴增,就會出現至少兩個尖峰。

擴充套件資料:

時熒光定量pcr儀real-time qpcr 常見問題分析:

1、無ct值出現

1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法。則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2、ct 值出現過晚(ct>38)

1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3、標準曲線線性關係不佳

1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

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為什麼實時熒光定量pcr做不出來,普通pcr可以

為什麼實時熒光定量pcr做不出來,普通pcr可以普通的pcr大多數是定性實驗回 而實時熒光定量pcr則定量和答定性都可以做。應用領域也不一樣,普通pcr一般應用於基因組克隆 dna測序 rna反轉錄等,而實時熒光定量pcr一般應用於mrna表達量分析 絕對定量 蛋白表達 snp分析 陰陽性解析等領域...

實時熒光定量pcr因子表達量越少ct值越小嗎

看了你空間裡的溶解曲線,你可以看到溶解峰的溫度都很低,全在80以下,你擴出來的東西多半隻是引物,你跑定量的時候有做ntc的孔嗎,如果有做,可以對照ntc組和加了模板的組,溶解峰還是一樣的話,那你擴出來的產物100 是引物了。再有,你的擴增曲線問題,ct太了,一般做定量認為ct 25時,是一個模板擴出...