1樓：五月翔仔
利用ncbi搜尋不同物種中同一目的基因的蛋白質或cdna編碼的氨基酸序列 因為密碼子的關係，不同是指代表編碼單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列的混合物。密碼子具有簡併性，單以氨基酸順序推測編碼的dna序列是不精確的，但可以設計成對簡併引物，擴增所有編碼已知順序的核酸序列。用簡併引物時寡核苷酸中核苷酸序列可以改變，但核苷酸的數量應相同。
的核苷酸序列可能表達的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的
簡併引物是什麼？設計的原則或原理是什麼？**等，急！！！
2樓：匿名使用者
中文bai名稱：
簡併引物du
zhi英文名稱：
degenerate primer
定義：dao
獲得序列未完全清楚的回核酸的一種引物設計方案，特點答是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基，結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。
應用學科：
生物化學與分子生物學（一級學科）；方法與技術（二級學科）
3樓：匿名使用者
簡併引物通俗的講是不完全相同的引物序列的混合物。使用簡併引物是專為了增強引物的通用屬性，即不同dna序列的目的基因都可以用這種引物進行pcr擴增。其定義是為了獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案，特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基，結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。
設計原則是把代表編碼單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列等比例混合。反之，如果為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據不同生物的鹼基使用偏好，減少簡併性。
引物的設計原則
4樓：lee羅亞輝
1、長度：15—30bp，其有效長度[ln=2(g十c)十(a十t)]一般不大於38，否則pcr的最適延伸溫度會超過taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產物的特異性。
2、g十c含量：應在40%一60%之間，pcr擴增中的復性溫度一般是較低tm值引物的tm值減去5—10度。引物長度小於20時，其tm恆等於4×(g十c)十2×(a十t)。
3、鹼基分佈的隨機性：應避免連續出現4個以上的單一鹼基。尤其是不應在其3』端出現超過3個的連續g或c，否則會使引物在g十c富集序列區錯誤引發。
4、引物自身：不能含有自身互補序列，否則會形成髮夾樣二級結構。
5、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
6、上下游引物的互補性：一個引物的3『末端序列不允許結合到另一個引物的任何位點上。
7、3』末端：如果可能的話，每個引物的3『末端鹼基應為g或c。
8、引物應當超出限制性內切酶識別位點至少3個核苷酸。
擴充套件資料
引物合成
1、是將預先連線在固相載體上的活性基團被保護的核苷酸與三氯乙酸反應，脫去其5′-羥基的保護基團dmt，獲得遊離的5′-羥基。
2、合成dna的原料，亞磷醯胺保護核苷酸單體，與活化劑四氮唑混合，得到核苷亞磷酸活化中間體，它的3′端被活化，5′-羥基仍然被dmt保護，與溶液中游離的5′-羥基發生縮合反應。
4、在氧化劑碘的作用下，亞磷醯形式轉變為更穩定的磷酸三酯。
5樓：灰原哀
一般使用primer5就挺好，不知道你是擴基因還是啟動子，基因是否是已知。
pcr引物設計原理:
pcr引物設計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板dna序列。因此，引物的優劣直接關係到pcr的特異性與成功與否。
要設計引物首先要找到dna序列的保守區。同時應**將要擴增的片段單鏈是否形成二級結構。如這個區域單鏈能形成二級結構，就要避開它。
如這一段不能形成二級結構，那就可以在這一區域設計引物。
現在可以在這一保守區域裡設計一對引物。一般引物長度為15~30鹼基，擴增片段長度為100~600鹼基對。
讓我們先看看p1引物。一般引物序列中g+c含量一般為40%~60%。而且四種鹼基的分佈最好隨機。
不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否則p1引物設計的就不合理。應重新尋找區域設計引物。
同時引物之間也不能有互補性，一般一對引物間不應多於4個連續鹼基的互補。
引物確定以後，可以對引物進行必要的修飾，例如可以在引物的5′端加酶切位點序列；標記生物素、熒光素、地高辛等，這對擴增的特異性影響不大。但3′端絕對不能進行任何修飾，因為引物的延伸是從3′端開始的。這裡還需提醒的是3′端不要終止於密碼子的第3位，因為密碼子第3位易發生簡併，會影響擴增的特異性與效率。
臨床實驗室
pcr引物的設計原則：
① 引物應用核酸系列保守區內設計並具有特異性。
② 產物不能形成二級結構。
③ 引物長度一般在15~30鹼基之間。
④ g+c含量在40%~60%之間。
⑤ 鹼基要隨機分佈。
⑥ 引物自身不能有連續4個鹼基的互補。
⑦ 引物之間不能有連續4個鹼基的互補。
⑧ 引物5′端可以修飾。
⑨ 引物3′端不可修飾。
⑩ 引物3′端要避開密碼子的第3位。
pcr引物設計的目的是找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板dna序列。如前述，引物的優劣直接關係到pcr的特異性與成功與否。對引物的設計不可能有一種包羅永珍的規則確保pcr的成功，但遵循某些原則，則有助於引物的設計。
1.引物的特異性
引物與非特異擴增序列的同源性不要超過70%或有連續8個互補鹼基同源。
2.避開產物的二級結構區
某些引物無效的主要原因是引物重複區dna二級結構的影響，選擇擴增片段時最好避開二級結構區域。用有關計算機軟體可以**估計mrna的穩定二級結構，有助於選擇模板。實驗表明，待擴區域自由能（△g°）小於58.
6lkj/mol時，擴增往往不能成功。若不能避開這一區域時，用7-deaza-2′-脫氧gtp取代dgtp對擴增的成功是有幫助的。
3.長度
寡核苷酸引物長度為15~30bp，一般為20~27mer。引物的有效長度：ln=2（g+c）+（a+t+，ln值不能大於38，因為》38時，最適延伸溫度會超過taq dna聚合酶的最適溫度（74℃),不能保證產物的特異性。
4.g+c含量
g+c含量一般為40%~60%。其tm值是寡核苷酸的解鏈溫度，即在一定鹽濃度條件下，50%寡核苷酸雙鏈解鏈的溫度，有效啟動溫度，一般高於tm值5~10℃。若按公式tm=4（g+c）+2（a+t）估計引物的tm值，則有效引物的tm為55~80℃，其tm值最好接近72℃以使復性條件最佳。
5.鹼基礎隨機分佈
引物中四種鹼基的分佈最好是隨機的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超過3個連續的g或c，因這樣會使引物在g+c富集序列區錯誤引發。
6.引物自身
引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會摺疊成髮夾狀結構牙引物本身復性。這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。若用人工判斷，引物自身連續互補鹼基不能大於3bp。
7.引物之間
兩引物之間不應不互補性，尤應避免3′端的互補重疊以防引物二聚體的形成。一對引物間不應多於4個連續鹼基的同源性或互補性。
臨床實驗室
8.引物的3′端
引物的延伸是從3′端開始的，不能進行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結構可能，除在特殊的pcr（as-pcr）反應中，引物3′端不能發生錯配。
在標準pcr反應體系中，用2u taq dna聚合酶和800μmol/l dntp（四種dntp各200μmol/l）以質粒（103拷貝）為模板，按95℃，25s；55℃，25s；72℃，1min的迴圈引數擴增hiv-1 gag基因區的條件下，引物3′端錯配對擴增產物的影響是有一定規律的。a∶a錯配使產量下降至1/20，a∶g和c∶c錯七下降至1/100。引物a：
模板g與引物g：模板a錯配對pcr影響是等同的。
9.引物的5′端
引物的5′端限定著pcr產物的長度，它對擴增特異性影響不大。因此，可以被修飾而不影響擴增的特異性。引物5′端修飾包括：
加酶切位點；標記生物素、熒光、地高辛、eu3+等；引入蛋白質結合dna序列；引入突變位點、插入與缺失突變序列和引入一啟動子序列等。
10.密碼子的簡併
如擴增編碼區域，引物3′端不要終止於密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發生簡併，會影響擴增特異性與效率。
簡併引物有什麼作用？有什麼優點？求詳細答案。
6樓：匿名使用者
中文名稱：
簡併引物
英文名稱：
degenerate primer
定義：獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案,特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基,結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物.
應用學科：
生物化學與分子生物學（一級學科）；方法與技術（二級學科）
求助簡併引物的設計
7樓：匿名使用者
博凌科為-為你解答：抄
我最近正襲在做基因的克隆，我一直比對cds,比對之後，找到保守區，再在primer 軟體中設計引物，找那些評分相對較好的引物，在看它是不是在你比對的保守區，如果實在是找不到合適的，就儘量滿足，就設計兼併引物了，找到與模版不同的鹼基，按照兼併原則設計即可！
怎樣設計簡併引物？ 10
8樓：匿名使用者
找出關鍵位點，選擇相同序列，在其餘位點根據簡併原則隨機插入序列
pcr引物設計應遵循哪些原則
9樓：北京索萊寶科技****
pcr引物設計的11條**法則
1.引物最好在模板cdna的保守區內設計。 dna序列的保守區是通過物種間相似序列的比較確定的。
在ncbi上搜尋不同物種的同一基因，通過序列分析軟體（比如dnaman）比對（alignment），各基因相同的序列就是該基因的保守區。
2.引物長度一般在15~30鹼基之間。 引物長度（primerlength）常用的是18-27bp，但不應大於38，因為過長會導致其延伸溫度大於74℃，不適於taqdna聚合酶進行反應。
3.引物gc含量在40%~60%之間，tm值最好接近72℃。 gc含量（composition）過高或過低都不利於引發反應。
上下游引物的gc含量不能相差太大。另外，上下游引物的tm值（meltingtemperature）是寡核苷酸的解鏈溫度，即在一定鹽濃度條件下，50%寡核苷酸雙鏈解鏈的溫度。有效啟動溫度，一般高於tm值5~10℃。
若按公式tm=4（g+c）+2（a+t）估計引物的tm值，則有效引物的tm為55~80℃，其tm值最好接近72℃以使復性條件最佳。
4.引物3′端要避開密碼子的第3位。 如擴增編碼區域，引物3′端不要終止於密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發生簡併，會影響擴增的特異性與效率。
5.引物3′端不能選擇a，最好選擇t。 引物3′端錯配時，不同鹼基引發效率存在著很大的差異，當末位的鹼基為a時，即使在錯配的情況下，也能有引發鏈的合成，而當末位鏈為t時，錯配的引發效率大大降低，g、c錯配的引發效率介於a、t之間，所以3′端最好選擇t。
6.鹼基要隨機分佈。引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3』端相似性較高的列，否則容易導致錯誤引發（falsepriming）。
降低引物與模板相似性的一種方法是，引物中四種鹼基的分佈最好是隨機的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超過3個連續的g或c，因這樣會使引物在gc富集序列區錯誤引發。
7.引物自身及引物之間不應存在互補序列。引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會摺疊成髮夾結構（hairpin）使引物本身復性。
這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。引物自身不能有連續4個鹼基的互補。兩引物之間也不應具有互補性，尤其應避免3′端的互補重疊以防止引物二聚體（dimer與crossdimer）的形成。
引物之間不能有連續4個鹼基的互補。引物二聚體及髮夾結構如果不可避免的話，應儘量使其△g值不要過高（應小於4.5kcal/mol）。
否則易導致產生引物二聚體帶，並且降低引物有效濃度而使pcr反應不能正常進行。
8.引物5′端和中間△g值應該相對較高，而3′端△g值較低。 △g值是指dna雙鏈形成所需的自由能，它反映了雙鏈結構內部鹼基對的相對穩定性，△g值越大，則雙鏈越穩定。
應當選用5′端和中間△g值相對較高，而3′端△g值較低（絕對值不超過9）的引物。引物3′端的△g值過高，容易在錯配位點形成雙鏈結構並引發dna聚合反應。（不同位置的△g值可以用oligo6軟體進行分析）
9.引物的5′端可以修飾，而3′端不可修飾。 引物的5′端決定著pcr產物的長度，它對擴增特異性影響不大。
因此，可以被修飾而不影響擴增的特異性。引物5′端修飾包括：加酶切位點；標記生物素、熒光、地高辛、eu3+等；引入蛋白質結合dna序列；引入點突變、插入突變、缺失突變序列；引入啟動子序列等。
引物的延伸是從3′端開始的，不能進行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結構可能。
10.擴增產物的單鏈不能形成二級結構。某些引物無效的主要原因是擴增產物單鏈二級結構的影響，選擇擴增片段時最好避開二級結構區域。
用有關軟體（比如rnastructure）可以**估計mrna的穩定二級結構，有助於選擇模板。實驗表明，待擴區域自由能（△g°）小於58.6lkj/mol時，擴增往往不能成功。
若不能避開這一區域時，用7-deaza-2′-脫氧gtp取代dgtp對擴增的成功是有幫助的。
11.引物應具有特異性。 引物設計完成以後，應對其進行blast檢測。如果與其它基因不具有互補性，就可以進行下一步的實驗了。
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